คณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี ได้รับอนุมัติการจัดตั้งจากทบวงมหาวิทยาลัย เมื่อวันที่ 25 พฤษภาคม พ.ศ. 2536 และมีพระราชกฤษฎีกาจัดตั้งประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 111 ตอนที่ 21 ก. เมื่อวันที่ 3 มิถุนายน พ.ศ. 2537 นับเป็นคณะเภสัชศาสตร์ของรัฐลำดับที่ 8 และเป็นคณะวิชาทางด้านวิทยาศาสตร์สุขภาพคณะแรกของมหาวิทยาลัยอุบลราชธานี โดยมีวัตถุประสงค์ของการจัดตั้งดังนี้เพื่อผลิตบัณฑิตสาขาเภสัชศาสตร์ที่มีคุณภาพตามมาตรฐานกำหนด เพื่อสนองความต้องการของประเทศทั้งภาครัฐและเอกชน และเป็นการช่วยแก้ปัญหาการขาดแคลนเภสัชกร โดยเฉพาะอย่างยิ่งในภูมิภาค ตะวันออกเฉียงเหนือได้ในระดับหนึ่งเพื่อดำเนินการศึกษาค้นคว้าวิจัยและเผยแพร่ผลงานวิชาการทางด้านเภสัชศาสตร์ สาธารณสุข และวิทยาศาสตร์การแพทย์ในสาขาที่เกี่ยวข้อง เพื่อพัฒนาและแก้ปัญหาสาธารณสุขของชุมชนและของประเทศเพื่อดำเนินการศึกษาค้นคว้าวิจัยและพัฒนา ตลอดจนเผยแพร่ผลงานวิชาการทางด้านเทคโนโลยีเภสัชกรรม เภสัชเวทและสมุนไพร เพื่อการพึ่งพาตนเองทางด้านเภสัชภัณฑ์ของประเทศเพื่อให้บริการด้านวิชาการเภสัชศาสตร์แก่สังคม โดยการจัดอบรม ประชุม และสัมมนาทางวิชาการ การเผยแพร่ความรู้ และบริการเภสัชสนเทศ แก่หน่วยงานต่างๆ ทั้งภาครัฐและเอกชน ตลอดจนประชาชนทั่วไปเพื่อทำนุบำรุงศิลปวัฒนธรรมด้านประวัติศาสตร์เภสัชกรรมไทย และการอนุรักษ์เภสัชตำรับดั้งเดิมของไทยไว้
ทั้งนี้มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี ได้มีคำสั่งแต่งตั้ง คณะกรรมการจัดทำโครงการจัดตั้งคณะเภสัชศาสตร์ เมื่อวันที่ 23 มกราคม พ.ศ. 2535 และแต่งตั้ง รศ.ดร.บังอร ศรีพานิชกุลชัย ให้ดำรงตำแหน่งหัวหน้าโครงการจัดตั้งคณะเภสัชศาสตร์ เมื่อวันที่ 7 สิงหาคม พ.ศ. 2535 เพื่อให้การดำเนินการจัดตั้งคณะเภสัชศาสตร์เป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพและบรรลุวัตถุประสงค์ ซึ่งภายหลังการสถาปนาคณะเภสัชศาสตร์ รศ.ดร.บังอร ศรีพานิชกุลชัย ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งคณบดี นับเป็นคณบดีผู้ก่อตั้งคณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี
สำหรับหลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิตของมหาวิทยาลัยอุบลราชธานี ได้รับความเห็นชอบจากทบวงมหาวิทยาลัย เมื่อวันที่ 13 พฤษภาคม พ.ศ. 2536 และสำนักงาน ก.พ. รับรองคุณวุฒิปริญญาเภสัชศาสตรบัณฑิตของมหาวิทยาลัยอุบลราชธานี เมื่อวันที่ 30 มิถุนายน พ.ศ.2536 คณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี เปิดรับนักศึกษาระดับปริญญาตรี ตั้งแต่ปีการศึกษา 2537 เป็นต้นมา ซึ่งมีระยะเวลาการศึกษา 5 ปี และเริ่มจากปีการศึกษา 2552 คณะเภสัชศาสตรได้เปิดรับนักศึกษา หลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิต (ฉบับปรับปรุง) พ.ศ. 2551 ซึ่งมีระยะเวลาการศึกษา 6 ปี หลักสูตรนี้เน้นการพัฒนานักศึกษาให้มีความรู้ทักษะและความเชี่ยวชาญด้านงานบริบาลเภสัชกรรม ปัจจุบันมีจำนวนนักศึกษารวมทั้งสิ้นกว่า 500 คน และมีบัณฑิตเภสัชศาสตร์ สำเร็จการศึกษากว่า 900 คน ซึ่งมีผลเพิ่มการกระจายตัวของเภสัชกรมายังภูมิภาคตะวันออกเฉียงเหนืออย่างเด่นชัด
ในปีการศึกษา 2544 คณะเภสัชศาสตร์ได้เปิดหลักสูตรบัณฑิตศึกษา 2 หลักสูตร คือ เภสัชศาสตรมหาบัณฑิต (สาขาเภสัชกรรมคลินิกและการบริหาร) และวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต (สาขาการบริหารบริการสุขภาพ) ซึ่งเป็นหลักสูตรที่จัดการเรียนการ สอนในวันเสาร์-อาทิตย์ เปิดโอกาสให้กับเภสัชกรและบุคลากรสาธารณสุขสามารถลงทะเบียนเรียนโดยไม่ต้องลาศึกษาต่อ ต่อมาในปีการศึกษา 2547 คณะเภสัชศาสตร์ได้เปิดหลักสูตรบัณฑิตศึกษาเพิ่มอีก 3 หลักสูตร เป็นหลักสูตรที่เน้นการทำวิจัยและเรียนในวันราชการได้แก่ หลักสูตรเภสัชศาสตรมหาบัณฑิต (เภสัชภัณฑ์และผลิตภัณฑ์ธรรมชาติ) วิทยาศาสตรมหาบัณฑิต (เภสัชเคมีและผลิตภัณฑ์ธรรมชาติ) และปรัชญาดุษฎีบัณฑิต (สาขาเภสัชศาสตร์)